자위행위는 신체적·정신적 건강에 나쁜 영향을 미칠 것이라는 막연한 생각을 가지고 있는 경우가 많다.
나이가 들어도 성적으로 왕성한 남성들도 많다. 성생활은 나이와 여건에 관계없이 영위하는 것이 남성의 기능 유지에 좋다. 원활한 성생활의 여건이 되지 않는다고 성 충동을 억제하면 정신적인 측면에서 좋지 않다. 그러므로 일종의 성행위라고 할 수 있는 자위행위가 경우에 따라 필요하기도 하다. 적당한 자위행위는 심리적으로 만족감을 주며 정신 건강에도 유익하다는 것을 인지하여야 한다.
최근 의학 학술지에는 자위 행위가 건강에 나쁜 영향을 미치지 않으며, 오히려 남성의 생식에 좋다는 연구 결과가 발표되었다. 즉, 항생제 치료에 듣지 않는 만성 전립선염 환자 34명을 대상으로 6개월간 1주일에 두 번 자위 행위를 하게 하고, 6개월 후 증상을 다시 살핀 결과, 11%에서 완전히 증상이 없어졌으며, 33%는 확연히 호전을 보였고, 33%는 약간의 호전을 보여, 전체적으로 78%의 환자가 전림선염 증상이 좋아졌다.
뿐만 아니라 자위는 청소년의 정신건강에도 유익하다. 자위를 너무 나쁜 것이라고 가르치면 청소년들은 심각한 죄의식에 사로잡힐 수 있으므로 주의해야 한다. 그러나 일상 생활에 지장을 줄 정도로 너무 자위에 몰두하면 적당한 방법으로 제지하는 게 좋다.
자위행위를 즐기는 사람들은 누구나 "너무 자주 행위를 하는 것이 아닐까" 하는 불안감을 가진다. 자위행위가 적당하다는 기준은 어떤 것일까. 이에 대하여 의학적으로 정확한 기준은 없다. 자위행위로 인하여 본인의 일상 생활에 지장을 주지 않을 정도면 지나치지 않다고 받아 들여진다. 즉, 자위행위에 얽매어 수면을 저해하는 정도나 근무에 지장을 초래하는 정도로 자주한다면 자위행위를 지나치게 즐긴다고 할 수 있다.
또한 성적 쾌감을 즐기기 위하여 혼자서 하는 자위행위는 실제의 성 관계에 비하여 자연스럽지 않다. 그러므로 신체적 건강이나 정신적 안녕에 나쁜 영향을 미칠 것이라는 막연한 생각을 가지고 있는 경우가 많으나 자위행위는 인체에 유해한 영향을 야기하지 않는다.